海军军官学校的校长是将级军官，一般为少将，在海军部长领导下工作。海军部长又授权海军作战部长对学校进行行政管理与监督。校长之下设学员总指挥官，军衔为准将，是全体学员的指挥官，负责军事教育和体育课程，并负责培养学员的责任心、荣誉感和忠诚意识，引导学员决心取得作为军校学员以及海军军官所需的高标准成绩，其目的是为学员在军事专业学科与技术上打下牢固的基础，以便将来担任海军和海军陆战队的职业军官。
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