这两所大学都是加州公共资助的高等教育机构。加州州立大学CSU属教学型大学,加州大学UC属科研型大学,加州大学UC一所分校的经费可能比整个加州州立大学CSU的都要高。根据2002年的一项研究,CSU教师每周花费30小时教学和指导学生,10小时进行研究和创造性活动。1984年的一项研究表示UC教师每周花费26小时教学和指导学生,23小时进行研究和创造性活动。加州州立大学校长Charles B. Reed博士在南加州大学（USC）的一个演讲中表示,加州有能力负担两个大学（UC和CSU）的开支。然而,州政府在CSU的学生人均支出较低。加之CSU的硕士和博士研究项目较少,导致CSU的整理声望和排名不如UC。第7届加州图书馆馆长Kevin Starr表示,加州大学（UC）抽取了全州前10%的高中生,而加州州立大学（CSU）抽取了全州前33%的高中毕业生。

在CSU系统形成的早期阶段,权利更强大的UC系统阻断了CSU颁发某些学位的权利,导致现在大多数类型的博士学位无法在CSU获取。与此同时,其他州的州立大学例如亚利桑那州立大学已转为科研型大学并可以颁发博士学位。根据1960年的加州高等教育总规划,只有加州大学UC可以颁发哲学博士学位（Ph.D）,例如法律、医学、兽医、牙医。基于最近的法案（SB 724和AB 2382）,加州州立大学CSU现在可以提供部分哲学博士学位（Ph.D）和专业博士学位（Ed.D）,例如听力学Au.D学位。目前提供博士学位最多的分校是圣地亚哥州立大学,可以提供22种博士学位。

对本地学生而言,加州州立大学CSU的学费只有加州大学UC的大约一半。因此加州州立大学被称为“人民的大学”（People's University）。对于国际学生而言,CSU的学费只有UC的三分之一。传统上,CSU比UC更愿意接纳大龄大学生,并且在夜间和网上提供更多课程。CSU的分校大多从临近地区招收学生,不过随着学校建设和扩大,一些更有声望的分校吸引了更广泛的人口。

对于“校长”的称呼,两所大学也有多不同。CSU系统称之为“chancellor”,而UC系统称之为“president”。CSU的行政总办公室位于长滩分校西侧（洛杉矶）,UC的行政总办公室位于伯克利分校内（旧金山）。

UC系统采用quarter学期制,每年有秋、冬、春三个必修学期和暑期选修学期（除了Berkeley,Merced两个分校、所有的法学院以及UCLA医学院）,采用160学分毕业制。而CSU系统采用semester学期制,每年有春秋两个必修学期（比UC的春秋学期更长）和冬夏两个选修学期,（除了CSUEB, CSUSB, CSULA, CSUB, Cal Poly SLO六个分校,这六个分校会在2020年转为semester制）,采用120学分毕业制。需要注意的是UC的1.5学分等同CSU的1学分。

两个大学的命名也有区别。加州大学UC有统一的命名规则,采用“University of California+所在城市名”的名字,城市名前加一个逗号隔开,例如University of California,Los Angeles。加州州立大学CSU的部分分校也采用这样的命名规则,例如California State University,Northridge。但是有一些大学采用“城市名+State University”的规则,例如San Francisco State University。理工学校则采用California Polytechnic State University,San Luis Obispo这样的名字。海峡群岛分校CSUCI和圣马科斯堡分校CSUSM的官方名称都不包含逗号。