根据2018年6月学校官网显示，学校有国家重点实验室5个，卓越学科领域8个，联合研究单位34个，其他研究所33个。
国家重点实验室（5个）：转化肿瘤学国家重点实验室、农业生物技术国家重点实验室、药用植物应用研究国家重点实验室、合成化学国家重点实验室、消化疾病研究国家重点实验室
卓越学科领域（8个）：细胞器生物合成及功能研究中心、网络编码研究所、中国社会的历史人类学研究、植物与环境互作基因组研究中心、母体血浆胎儿核酸研究中心、中医中药研究与发展、植物及农业生物科技中心、资讯科技
联合研究单位
| 研究单位名称 |
|---|
|
草药研究中心 |
|
地球信息科学联合实验室 |
|
光机电设计与工程联合研究中心 |
|
沪港发展联合研究所 |
|
沪港化学合成联合实验室 |
|
联合传统医学分子实验室 |
|
脑研究中心 |
|
清华大学─麻省理工学院─香港中文大学理论计算机科学研究中心 |
|
清华大学深圳研究生院─香港中文大学工程学院媒体科学、技术与系统联合研究中心（深圳） |
|
人文价值研究中心 |
|
汕头大学．香港中文大学联合汕头国际眼科中心 |
|
上皮细胞生物学研究中心 |
|
生物医学工程联合研究中心 |
|
香港中文大学─国家中药现代化工程技术研究中心中药标准化和研发联合实验室 |
|
香港中文大学─荷兰乌得勒支大学语言、认知及大脑联合研究中心 |
|
香港中文大学─华大基因跨组学创新研究院 |
|
香港中文大学─美国马里兰大学中西医结合医学中心 |
|
香港中文大学─南开大学社会政策联合研究中心 |
|
香港中文大学─智慧中国 机器人与智慧城巿研究中心 |
|
香港中文大学/清华大学中国企业互联网运作联合研究项目 |
|
香港中文大学利群计算及界面科技教育部─微软重点实验室 |
|
香港中文大学与暨南大学再生医学联合实验室 |
|
香港中文大学与南京大学脊柱侧弯联合研究中心 |
|
香港中文大学与浙江大学肝病及消化病联合研究中心 |
|
香港中文大学与浙江大学天然药物与毒理学研究联合实验室 |
|
香港中文大学与浙江大学先进光子学联合研究实验室 |
|
语言与人类复杂系统联合研究中心 |
|
智能感知系统联合研究中心 |
|
智能工程联合研究中心 |
|
中国科学院昆明动物研究所─香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室 |
|
中国科学院昆明植物研究所─香港中文大学药用植物化学与植物资源联合实验室 |
|
中国科学院上海分院─香港中文大学上海合作中心 |
|
中国科学院上海药物研究所与香港中文大学促进中药全球化联合实验室 |
|
自动化科学与工程联合研究中心 |
其他研究所
| 研究所名称 | ||||
|---|---|---|---|---|
| 材料科学及技术研究中心 | 吕志和创新医学研究所 | 理论计算机科学与通讯科学研究所 | 数学科学研究所 | 香港糖尿病及肥胖症研究所 |
| 光科技研究所 | 全球经济及金融研究所 | 理论物理研究所 | 太空与地球信息科学研究所 | 香港亚太研究所 |
| 环境、能源及可持续发展研究所 | 人类传意科学研究所 | 植物分子生物学及农业生物科技研究所 | 网络编码研究所 | 香港中文大学赛马会老年学研究所 |
| 精密工程研究所 | 人文学科研究所 | 中国文化研究所 | 未来城市研究所 | 香港中西医结合医学研究所 |
| 经济及金融研究中心 | 深圳研究院 | 中医中药研究所 | 香港癌症研究所 | 消化疾病研究所 |
| 李嘉诚健康科学研究所 | 生物科技研究所 | 中国科学院香港中文大学深圳先进集成技术研究所 | 香港教育研究所 | 信兴高等工程研究所 |
| 心脑血管医学研究所 | 亚太工商研究所 | 亚洲供应链及物流研究所 | ||
