学校现有8个学院，即：基督教神学院、天主教神学院、法律经济学院、医学院、哲学院、数学自然科学学院、农学院和教育学院。另外设有各类校直属研究机构十几个，如考古研究所、语言实验中心、天文学研究中心等等。
波恩大学的确拥有许多校直属科研机构，作为对教学和研究任务的补充。它们是：弗朗兹－杜尔格尔研究所，成立于1966年，研究古希腊罗马后期情况，尤其是地中海
古代文化的过渡阶段。研究所的许多工作人员都是来自外国的专家。旧天主教神学研究班，成立于1901年，由主教研究班和波恩旧天主教教堂资助，是德国迄今为止唯一的旧天主教研究机构，它致力于培养旧天主教教学和研究的后备力量。东方语言研究班，成立至今才25年，它对于波恩大学，这所曾位于德国政治中心的高校来说，尤其具有特殊意义。自1979年来，它在经济上一直受到联邦政府和北莱茵-威斯特法伦州的资助，主要从事近东、中东、远东语言文化人才的培养。1983年，研究所还开设了土耳其语、日语、汉语、朝鲜语、印度语和阿拉伯语的笔译课程。法国文化研究中心是法国使馆于1952年成立的。它的师资力量和研究人员及活动经费大部分得到法国外交部的资助。中心建立目的在于促进德法两国互相谅解和两国学生、学者、作家和艺术工作者的交流。目前工作重心是加强波恩大学法国语言和文学教学和研究水平。计划用水法研究所是德国唯一致力于用水平衡法和水利法的实施的科研机构。它通过指导和建议不断对联邦和州立法机关施加影响，使水法实施条件不断改善，同时它还负责水利法的推广和研究。银行储存和贷款研究所主要从事银行储蓄、利息、贷款和结算的研究工作。
与波恩大学有着密切联系的马克斯-普兰克研究协会在全球享有极高的威望，主要从事自然科学研究。研究协会有两个研究中心：马克斯-普兰克-射电天文学研究中心，致力于太阳系、银河系和外空间射电源的研究，并拥有世界上最大最先进的射电望远镜；马克斯-普兰克数学研究中心成立于1982年，它的主要课题是研究理论数学。
和医学院有关的几个研究单位是全国医学实验和放射助理学校（从事微生物和免疫学研究）、病人护理学校、儿童护理学校和病人护救学校等。
在德国，“大学城”是波恩市的代名词。随着德国首都北迁入柏林，波恩将进一步朝文化性多功能的城市发展，这无疑为波恩大学学术研究提供了机会。
